Версий тут несколько. Согласно наиболее распространенной, фамилия Пронин произошла от мужского имени Проня. Как раз мужского а не женского, поскольку Проня является уменьшительно-ласкательным от имени Прохор. Согласно еще одной версии, фамилия произошла от города Пронск, что находится на реке Проня.
И еще от имени Прохор, потом это изменилось на фамилию и первоначально имело такой вид: Прохнов, Прохорихин, Прошунин. Есть также дополнительная информация, что фамилия Пронин является прототипом таких фамилий как Проничев, Проничкин, Пронкин, Пронов, Прончищев, Проняев. Основоположник "Товарищество прохоровской трехгорной мануфактуры", В. И. Прохоров назвал всех с вышеперечисленными фамилиями "пламенными революционерами" в 1918 г.