В энциклопедию «Япония от А до Я» включены статьи об истории Японии с древнейших времен до наших дней, природных условиях, а также их влиянии на культуру и традиции, материалы, раскрывающие особенности экономики и банковской системы, специфику основных отраслей промышленности. Подробно рассказано о культуре Японии, исторических и культурных памятниках, архитектуре, живописи, литературе, кино, традициях, праздниках, суевериях, повседневной жизни Японии и японцев, отношении к работе, досугу, спорту и кулинарных пристрастиях.
Особое уделено внимание российско-японским отношениям. Первые контакты, договоры между двумя странами, конфликты и войны, общественные связи, территориальные проблемы, люди, вошедшие в историю российско-японских отношений — все это нашло отражение в энциклопедии.