Александр Бакулин, если принять последнюю версию, то почему тогда не "Ханюгин"? Ведь Иван-юга, вор-юга, жад-юга и так далее. В таких прилагательных всегда именно -юга, исключений что-то не припоминаю.
Думаю, ввиду явной натяжки во всех остальных версиях наиболее правдоподобно как раз то, что фамилия произошла от слова "Ханыга". Слово молодое, тут Вы правы. Но Вы неправы в одном, а именно, в том, что русские фамилии образовывались сотни лет назад. Есть куча исключений, в принципе, процесс формирования фамилий был достаточно живым ещё до середины XX века. Вспомните хотя бы фамилии от слова "Комиссар" - Комиссаров, Комиссарчик и так далее.
Поэтому образование этой фамилии именно от "Ханыга" кажется самым простым, но, вместе с тем, самым логичным объяснением.