Скорее всего первый кто получил такую фамилию, был сын иностранца, необязательно немца. Мне эта кажется наиболее вероятным. Трудно представить, что закрепилась бы фамилия Тупой. Думаю, сербский вариант бы не прижился.
Хочу добавить, что на Алтае есть целая деревня Афонино. Я знаю только эту деревню, но, думаю, их много. И популярность такой фамилии и названий я связываю с особым почитанием на Руси монастырского острова Афон. В России есть так же монастырь Новый Афон.
Фамилия Рагозин, как и родственная ей Рогозин, возможно, произошла от слова «Рогожа». Рогожа — это очень грубая ткань. Изначально ее делали из растения рогоз, отсюда и название. В современном понимании рогожу тканью нельзя назвать. Это, скорее, материал, для хозяйственных нужд. Возможно, Ваш предок или изготавливал рогожу или занимался ее продажей. Есть и другой вариант. Некоторые носили одежду из рогожи для смирения и укрощение плоти. Человек мог получить такое прозвище (которое потом перешло в фамилию) из-за того, что практиковал такой путь смирения.