По написанию фамилии на первый взгляд можно заключить, что произошла она от прозвища "Ханыга". Но это не так: слово "ханыга" - очень молодое, возникло в 20-м веке и не входит ни в один классический словарь русского языка. А русские фамилии образовывались сотни лет назад, в 15-17 веках. Так что скорее всего нынешнее начертание фамилии образовалась в результате описки малограмотного чиновника или паспортиста (очень часто случалось), и ранее писалась как Ханьгин, происходя от прозвища Ханьга.
Словарь Даля:
ХАНЬГА - арх. камыш, тростник.
Словарь Даля:
ХАНЬГА - арх. камыш, тростник.